사찰 동쪽에 있는 학 모양의 바위에서 유래
- 남북국시대 신라 성덕왕 33년(724년) 승려 회의가 '청량사'라는 이름으로 창건 - 고려 태조 3년(920년) 승려 도선이 사찰을 확장하고 '동학사'로 변경 - 조선 태조 3년(1394년) 단(壇)을 쌓고 고려 태조를 비롯한 고려 왕들의 초혼제와 정몽주의 제사를 지냄 - 세조 3년(1457년) 단(壇)을 쌓고 사육신의 초혼제맟 단종의 제단을 지음 - 영조 4년 (1728년) '신천영의 난'으로 사찰 전소 - 순조 14년(1814년) 사찰 복구 및 전각을 다시 세움 - 한국전쟁으로 사찰 전소 - 1960년대부터 폐허가 된 사찰터에 전각을 다시 짓기 시작하고 비구니 사찰로 거듭나 오늘에 이르고 있음
당나라 유학 후 귀국한 승려 상원은 계룡산 자락에 토굴을 짓고 수행하였다. 어느 날 토굴 앞에 호랑이가 나타나 입을 벌리고 고통스러워하는 것을 본 상원은 입안에 가시가 박힌 것을 보고 뽑아주었고 호랑이는 만족한 듯 일어서서 어디론가 사라졌다. 다음날 쿵 하는 소리에 밖에 나가보니 호랑이가 멧돼지 한 마리를 물어다 놓은 것이었다. 이를 본 상원은 호랑이를 꾸짖고 돌려보냈다. 시간이 지나 겨울 어느 날, 상원은 이상한 소리가 나 밖에 나가보니 호랑이가 한 여인을 업고 나타난 것이었다. 여인은 얼마 뒤 깨어나 '집은 상주인데 호랑이나 나타나 기절한 후 기억이 없습니다'라고 말했다. 이후 상원은 여인을 본가로 데려다주었으나 세속에 뜻이 없음을 부모님에게 밝히고 상원과 함께 토굴에서 수행하였다. 두 사람이 세상을 떠난 후 상원의 제자 회의가 사리를 거두어 '오뉘(남매)탑'을 세우고 토굴에 사찰을 지었다. 이 탑은 현재까지 동학사에 남아있다.