- 삼국시대 백제 의자왕 11년(651년) 승려 보덕이 창건했다고 전해지나 창건자는 정확하지 않음
- 언제부터인지는 전해지지 않으나 사찰은 신정사(神定寺)로 부름
- 남북국시대 통일신라 승려 도선이 법당만 남아있던 사찰을 보수 및 확장
- 조선 태조 3년(1394년) 태조의 명으로 산신에게 제사를 올리기 위한 '계룡단' 지음
- 임진왜란으로 인해 사찰 대부분 소실
- 조선 고종 3년(1866년) 관찰사 심상훈이 사찰을 보수하고 전각을 새로 지은 후 사찰명을 신원사(神院寺)로 변경
- 고종 16년(1879년) 명성황후 민비의 명으로 계룡단을 복원하고 이름을 '중악단'으로 변경
- 한국전쟁으로 사찰 대부분이 파괴
- 1953년부터 단계적으로 사찰을 보수 및 전각을 새로 지어 오늘에 이르고 있음
관련 설화
조선을 건국한 태조 이성계는 승려 무학과 함께 새로운 도읍을 정하기 위해 명당을 찾아다니고 있었다. 어느날 무학은 이성계에게 충남에 있는 계룡산은 닭의 볏을 쓴 용이 꿈틀대는 신기한 기운이 흐르는 명당이라며 그곳에 산신각을 짓고 계룡산신에게 기도하면 소원이 이루어질 것이라고 말했다.
이에 이성계는 신정사에 계롱산신에게 왕실의 안녕을 기원하기 위한 계룡단 건축을 명하고 계룡산 남쪽에 있는 신도안(지금의 신도안면)을 조선의 새 도읍으로 정한다. 이후 1년여 동안 궁궐 공사를 진행하였으나 새 도읍은 한양으로 변경되어 궁궐 공사는 중지되었다.