- 백제 의자왕 11년(651년) 승려 보덕이 창건했다고 전해지나 관련 자료는 전해지지 않음
- 언제부터인지는 전해지지 않으나 사찰은 신정사(神定寺)로 부름
- 남북국시대 통일신라 승려 도선이 법당만 남아있던 사찰을 보수 및 확장
- 조선 태조 3년(1394년) 태조의 명으로 산신에게 제사를 올리기 위한 '계룡단' 지음
- 임진왜란으로 사찰 대부분 소실
- 조선 고종 3년(1866년) 사찰을 보수하고 전각을 새로 지은 후 사찰명을 신원사(神院寺)로 변경
- 고종 16년(1879년) 명성황후 민비의 명으로 계룡단을 복원하고 '중악단'으로 변경
- 한국전쟁으로 사찰 대부분 파괴
- 1953년부터 단계적으로 사찰을 보수 및 전각을 새로 지어 오늘에 이르고 있음
관련 설화
조선을 건국한 태조 이성계는 승려 무학과 함께 새로운 도읍을 정하기 위해 명당을 찾아다니고 있었다. 어느날 무학은 이성계에게 충남에 있는 계룡산은 닭의 볏을 쓴 용이 꿈틀대는 신기한 기운이 흐르는 명당이라며 그곳에 산신각을 짓고 계룡산신에게 기도하면 소원이 이루어질 것이라고 말했다.
이성계는 계롱산신에게 왕실의 안녕을 기원하기 위한 계룡단을 신원사에 짓도록 명하고 계룡산 남쪽에 있는 신도안(지금의 신도안면)을 조선의 새 도읍으로 정한다. 이후 1년여 동안 궁궐 공사를 진행하였으나 새 도읍은 한양으로 변경되어 궁궐 공사는 중지되었다