골짜기에서 승려 자장의 법회가 열렸는데 모여든 사람들이 너무 많아 골짜기가 마치 삼밭처럼 보인데서 유래
- 백제 무왕 41년(640년) 당나라 유학 후 귀국한 승려 자장이 창건 - 하지만 오랜시간 지나지 않아 사찰은 폐사되었고 이후 도둑의 소굴이 되었음 - 1172년 승려 지눌이 도둑들을 소탕하고 법당을 보수하고 전각을 새로 지어 명맥을 이음 - 한때 승려가 천 명에 이를 정도로 번성하였지만 조선 정조 6년(1782년) 대화재로 사찰 대부분이 소실 - 이듬해 왕실 등의 기부로 법당을 보수하고 전각을 새로 지었고 이후 몇 차례 사찰을 더 확장하여 오늘에 이르고 있음 * 1898년 백범 김구 선생이 출가하여 마곡사에서 '원종'이라는 법명을 받음
조선 세조 때 생육신의 한 사람인 매월당 김시습은 마곡사에 머물면서 단종 복위 과정에서 억울하게 죽은 영혼들을 달래주고 있었다. 세조는 그가 마곡사에 은신하고 있다는 소식을 접하고 그를 회유하고자 마곡사로 향했다. 평소 김시습은 '비록 왕이라 한들 세상을 역경 속에 처하게 한 군주는 군주가 아니라 폭군이다'라고 말하였다. 그런데 폭군이라고 생각하는 세조가 이곳에 행차한다는 소식을 듣자 몰래 마곡사를 떠났다. 세조는 김시습이 떠난 사실을 알고 통탄하며 '영산전(靈山殿)'이라는 편액과 행차 시 타고 왔던 가마(연)를 마곡사에 두고 소를 타고 떠났다고 한다. 세조가 타고 왔던 가마(세조대왕 연)는 지금까지 전해지고 있으며 마곡사 성보박물관에 전시되어 있다.