한때 3천여 명이 수도할 정도로 번창했다고 하여 사찰 이름도 이 숫자에서 유래한 것으로 추측
- 신라 문무왕 원년(661년) 승려 원효가 '삼천(三川)사'라는 이름으로 창건 - 한때 규모가 큰 사찰이었으나 임진왜란으로 사찰 전소 - 이후 승려 화상이 '삼천(三川)사'에서 약 1.6km 떨어진, 고려시대 조각된 마애여래입상에 자리에 사찰을 새로 짓고 삼천(三千)사로 변경 - 한국전쟁으로 사찰은 파괴 -1970년대 사찰을 복구하고 전각을 다시 지어 오늘에 이르고 있음 * 옛 삼천사 터에서 대형 돌그릇(石槽)과 동종(銅鐘), 고려 전반 법상종을 주도했던 승려 법경(法鏡)의 비명(碑銘) 등 600여점의 문화재가 발굴되었으며 이 중 동종은 보물로 지정
1968년 북한의 남파 무장공작원이 청와대를 습격하려 했던 1.21사태 이후 북한산 주변은 군사구역으로 지정되어 민간인은 북한산 주변을 방문할 수 없었다. 심지어 삼천사를 방문하는 삼천사 신도들조차 초소에서 신분 확인 후 방문할 수 있었다. 이후 북한산 주변이 철조망으로 둘러싸이고 군인들의 훈련이 많아지기 시작하자 해마다 삼천사 주변에 있는 유격훈련장에서는 훈련 중 사고가 자주 일어났다고 한다. 이 소식을 들은 삼천사 주지는 장병들의 희생을 안타깝게 여겨 더 이상 인명사고가 일어나지 않기를 바라는 뜻으로 유격훈련장이 보이는 장소(삼천사 입구 옆)에 지장보살입상을 세웠는데 이후 신기하게도 인명사고가 눈에 띄게 줄어들었다고 한다.